Впервые марафон состоялся 19 апреля 1897, и в нем участвовал пятнадцать бегунов, вдохновленных первым Олимпийским марафоном, который прошел в предыдущем году в Афинах (Греция).

Джон Грэм, член бостонской Атлетической Ассоциации и менеджер команды основного Олимпийского состава, основал марафон. Вначале в нем участвовали только  местные, но сейчас поучаствовать в марафоне съезжаются люди со всего света.

В 2018 году в марафоне победил японец, бегун-любитель Юки Каваучи (результат 2:15:58). В тот день, 16 апреля, был ужасный дождь с градом — самая плохая погода за более чем вековую историю марафона.

В 2020 году из-за пандемии коронавируса Бостонский марафон впервые за свою 124-летнюю историю не прошел в апреле, а был перенесен на 14 сентября, а затем вообще отменен. Марафон-2021 также перенесен на осень, дата пока уточняется.