В августе в журнале Cell вышла статья, утверждающая, что мутация в гене S-белка D614G делает SARS-CoV-2 более заразным. В частности, псевдовирусные частицы с G-вариантом быстрее размножались в культуре клеток, а пациенты, зараженные этим вариантом, демонстрировали большую вирусную нагрузку.
Тем не менее, биоинформатики из Института генетики Университетского колледжа Лондона под руководством Франсуа Балу проанализировали встречаемые в коллекции геномов различия и не обнаружили явных следов отбора, способствующего распространению каких-либо мутаций.
Для вирусов часто характерен высокий темп накопления мутаций, в том числе — за счет неспособности фермента, копирующего геном, исправлять ошибки. Однако коронавирусы нельзя назвать чемпионами по изменчивости — их полимераза как раз умеет исправлять ошибки. Сравнив между собой все имеющиеся генетические последовательности SARS-CoV-2, ученые сделали вывод, что геном этого коронавируса можно назвать довольно стабильным. Разные варианты вируса в среднем отличаются друг от друга на восемь замен, что не очень много. По этой причине авторы статьи сделали вывод, что циркулирующий в популяциях SARS-CoV-2 глобально принадлежит к одной и той же линии, несмотря на попытки разделить его на разные группы (что делается, в основном, для того, чтобы проследить передачу вируса).
В случае вирусов увеличение заразности можно оценить как повышение эволюционной приспособленности. Тогда мутации, способствующие повышению скорости передачи, будут для вируса полезными. Согласно закону популяционной генетики, полезные мутации возникают в популяциях повторно и независимо. Расчеты показали, что таких мутаций в коллекции коронавирусных геномов около четырехсот. Чтобы проверить, приводят ли они к увеличению заразности, ученые рассчитали филогенетический индекс, отражающий количество «потомков» для каждой мутации, появившейся относительно предкового генома вируса из Ухани независимо не менее трех раз (таких оказалось 185). Оказалось, что ни для одной из мутаций таким способом не выявляется каких-то преимуществ по распространению.
Обсуждая вышеупомянутую мутацию D614G, авторы работы предположили, что ее распространенность обусловлена скорее «эффектом основателя», так как она достаточно рано возникла в предковом геноме, а не влиянием на скорость передачи вируса. По результатам своих исследований биоинформатики сделали вывод, что все мутации в коронавирусных геномах являются нейтральными, то есть не влияют на приспособленность вируса. Кроме того, они обратили внимание, что значительная часть мутаций представляет собой замены цитозина на урацил, что скорее всего является следствием работы клеточных ферментов, в частности, цитозин деаминазы, а не вирусных.
Как сообщал «Вокруг Света. Украина», коронавирус мутирует в безопасную сторону. Ни одна из известных мутаций SARS-CoV-2 не привела к усилению его способности распространяться между людьми.
По материалам Nplus1
Читайте также:
У исландца обнаружили сразу два штамма коронавируса
В Дании из-за COVID-19 уничтожат всех норок в стране
